空心菜藤如同藕种保存一样，在地里储存或室内防冻存储。好是在冬天来临之前的时候把水排干，然后在上面盖一个小拱棚，就可以安全过冬了。

或在要准备明年留种的空心菜老藤其上覆盖厚层稻草或在严冬灌溉一定的水层保存 或空心菜留藤可于10月下旬至11月初选晴天挖出健壮的根茎作为种蔸，略加晾干，贮藏于地窖之中。

地窖里先放一层稻草，将种蔸放于稻草上，其上再用稻草覆盖防寒越冬，第二年4月份取出育苗。也可以于冬前选用粗壮、充实的老藤茎保温贮藏过冬。