万昌温泉属天然温泉，地处长白山脉，大黑山与张广才岭盆地，是火山喷发使第三系—古生代地层和侵入岩石构造裂缝发育形成了深循环地下通道，在高温高压环境下与围岩的物理化学作用，导致富含硅酸盐酸性花岗岩和碱性岩石及其他多种矿物质的溶解，使该温泉水富集了二氧化硅、锶、锂、钼、氢、镁、氟等多种人体需要的微量元素。

该温泉水位于地下1300—2170米之间，单层水厚度4—19.6米，均属自喷型地热资源