1、适应范围不同，流动人员医保适用于本市行政区域内、具有本市城镇户籍的人员及在用人单位工作的非本市户籍从业人员。

2、缴费标准不同，灵活就业人员医保以上年度本单位职工月平均工资为基数，每人每月按相应标准缴纳医保，职工医保是由单位和个人按相应缴费基数和相应比例共同缴纳的。

3、待遇不同。