神舟九号主要用途是，神州九号的飞行任务将首次验证手控交会对接技术，进一步验证自动交会对接技术。

同时，还将全面验证目标飞行器保障支持航天员生活工作的功能、性能，以及组合体管理技术，首次实现地面向在轨飞行器进行人员和物资的往返运输与补给，开展航天医学实验及有关关键技术试验。