黑木耳杂菌的主要防治方法是注意耳场及周围环境，烧除枯枝、落叶及腐木，减少污染源，还需尽量早点种，加强管理，促使黑木耳菌丝早定植，生长快，尽早发满耳木能有效减少杂菌侵染。

其次是低海拔地区气温高，夏季耳木要严防曝晒，以花花太阳的林荫地为宜，这样可大大减少裂褶菌、韧革菌、朱红栓菌等的发生。

当耳木有杂菌浸染时，要尽量早刮除后涂以鲜石灰浆或涂刷漂白粉消毒。危害严重的耳木尽早清除烧掉。