飞蟹栖息在近海浅海，栖息在水深10-50米的海区，在10-30米泥沙底质的海区群体最密集。

东沟大飞蟹冬季栖息在较深的海底冬眠。东沟大飞蟹属广温性水产动物，其适宜生长水温为17-30℃，最适生长水温为25-28℃，当水温低于6℃时梭子蟹进入冬眠状态。低温致死温度为-1.5℃，高温致死温度为35℃。

东沟大飞蟹具广盐性，其适宜生长盐度为10-35‰，最适盐度为25-30‰。东沟大飞蟹耐干能力比较强，在气温20℃时，可露干8小时不死，2-4℃条件下可露干26小时不死。