二者主要区别如下:会计核算中心是一个核算中心为多个单位的经济业务进行会计业务处理，分别为各个单位编制财务会计报告的会计业务处理中心。

在会计核算中心组织核算中，各个单位须指定一位联络员收集传递原始凭证。会计核算中心一般有政府组织的会计核算中心和隶属于大企业的会计核算中心。财务部是为一个公司进行经济业务核算和财务管理的企业内部的一个部门。经手相关经济业务的人员分别到财务部办理经济业的会计受理事宜。

财务部不仅负责会计核算，还要为企业经营管理出谋划策。