碧根果树的花没有花瓣，颜色为绿色且较小，因此很难与碧根果树的其他部分区分开，不容易被注意到。雄碧根果花，又叫做花絮，看起来是绿色的下垂状长条，能产生花粉。雌碧根果花个头较小，有星形的刺状物，当雌花成功授粉后，就会结出碧根果。