细胞质中的DNA存在于线粒体和叶绿体中，但含量较少。

细胞质基因组是细胞质中基因的总称，而细胞质基因是指细胞质中存在的一个个基因。在细胞质基因中，凡存在于色素体中的称为质体基因，存在于线粒体中的称为线粒体基因等，从线粒体、叶绿体等小细胞器中曾经分离出被染色体那样的DNA。