孤岛惊魂6结局只有两种，一个是正常结局，还有一个是隐藏结局正常结局是反叛军被独裁者消灭，反派的亲生儿子死了，主角成为反派干儿子。

隐藏结局则是：玩家可以在相反方向驾驶一艘船，游戏会显示在三个月之后，主角在海滩享受日光浴。