郭琇因树敌太多，被政敌弹劾，直接被降五级，到康熙二十九年（公元1690年）又让他停职致休，还差点因为父亲请诰封的事被流放，最终康熙赦免了他。

天下长河郭琇结局

康熙二十七年，郭琇献上《参河臣疏》，弹劾河道总督靳辅、户部尚书佛伦，升任左佥都御史。弹劾宰相明珠及大学士余国柱等，升任左都御史。弹劾少詹事高士奇结党营私罪，因事回乡，起为湖广总督，年老辞职。康熙五十四年，病故于即墨。