是活性中心具有的巯基基因团，与丝氨酸蛋白酶不同，这些蛋白酶通常不是服务动物消化系统的蛋白酶的一部分，已知的巯基蛋白乳是组织蛋白酶。钙依赖性中性蛋白酶，木瓜蛋白酶和菠萝蛋白酶，在肠道中通常是通过巨噬细胞和上皮细胞表达的组织蛋白酶和通过细菌或病毒的球机蛋白酶显示这样的活性。