暗格里的秘密讲述的是男女主角一开始由欢喜冤家相识，最后因为机缘巧合成为了同桌，互相帮助，心生爱慕，渐渐的一起成长。

然而却因为机缘巧合，男主角家里经历了变故，而女主角也因为高考失利，导致两个人分道扬镳，但是最终因为女主角没有放弃这段年少的感情，却往大学寻找这个年少时的欢喜，最终两个人还是解开了心结，选择了在一起。