首先，地下三层站不一定是换乘站，还可能是如下情况：

1、 地下一层为市政道路（如下穿隧道），地下二层站厅，地下三层站台

2、 因前后区间设计等缘故，车站只能布置在地下三层或更深的，如：出站后要下穿江底，河底之类（参杭州地铁水澄桥站），出站后下穿另一条线隧道（参杭州地铁新风站——这个是地下四层站）

3、 其他原因（待其他答主补充）

其次，换乘站不一定要地下三层，也可以是：

1、 平行双岛地下二层站（参杭州地铁彭埠站）

2、 地上线路和地下二层线路换乘，上海3号线沿线大把例子