黄豆发酵后会产生黄曲霉菌，该菌广泛分布于世界各地的常见腐生霉菌，其中有30%-60%的菌株都能产生黄曲霉毒素。

大多数非致病性的菌种，都可以作为曲种应用于发酵工业，一般是应用于有机酸的发酵生产，比如黄曲霉可用于L-苹果酸的发酵生产。