持有股份比例应该是实缴出资，认缴出资的持股比例是股东事先约定的，那么，股东在出资时应该按照认缴的比例完成出资，这样才能按照约定的股权比例来对企业实施管理和控制，如果有些股东没有按照认缴比例出资，那就应该按照实缴出资比例来认定持有股份比例。