公章可以代替项目章，而项目章在很多时候是不能代替公章的，如在合同书及财务单据上，履行过备案手续的项目章也不行。

项目章通常只用于项目文件资料上，经甲方备案后，可代替公司章使用。有些地区甚至规定，项目资料中的交工证书上都必须是公司章，项目章都不行。