1、科属不同：木棉是木棉科、木棉属的落叶大乔木，异木棉是木棉科、异木棉属的多年生常绿或落叶乔木。

2、形态不同：木棉树高达25米，树皮呈灰白色，异木棉树高12~18米，树皮呈绿色或绿褐色。

3、花朵不同：木棉树花朵单生枝顶叶腋，花期3~4月，异木棉树花朵腋生或数朵聚生于枝顶，花期是每年九月到次年一月。