孝陵的陵址是由顺治皇帝生前择定的。但由于定鼎之初，战事不断，国库空虚，加之顺治帝正当英年，并未急于兴建。直到顺治十八年（1661年），顺治帝崩逝后才开始兴工，到康熙三年（1664年）十一月十九日，主体工程告峻。
由于该陵的营建准备不足，加之顺治皇帝停灵待葬，工程急迫，不得已拆用了包括北海西岸“清馥殿”在内的一些明代建筑的材料和构件。
该陵始建于十七世纪六十年代，到二世纪九十年代历时三百三十多年，在自然力及人力的破坏下已经相当残破，经中华人民共和国国家文物局批准，于1991年至1993年进行了全面的维修，从而又以健康的风姿展现在世人面前。
