底滤泵的吸水力度本来就不大，因此吸不走鱼粪便也是很有可能的，想要改善的话，可以在缸里装一个造浪机，这样可以让污物流动起来，这样更方便被过滤掉。

除了物理过滤外，还要注意生物过滤，需要在缸中培养硝化细菌，这样才能将水中的氨氮转化成为对鱼儿无害的物质。