口袋妖怪中的历代化石如下：

化石盔（甲壳化石），菊石兽（螺贝化石），化石翼龙（神秘琥珀）口袋妖怪三色宝石：触手百合（植物化石），太古羽虫（指甲化石）口袋妖怪珍珠、钻石、白金：盾甲龙（盾甲化石），头盖龙（圆顶化石）口袋妖怪黑白：始祖鸟（羽毛化石），古海龟（龟壳化石）。