审批程序不合法的后果是审批的结果无效并承担相应的责任。对一个事项的审批，是要办事程序一步一步地去办理，若有资料不齐，条件不具备就会终止审批如果不按合法程序办理，那些不具备条件的、资料不齐的等项目就审批了，这样的审批结果是违法的、无效的，纪检等部门将会追责问责，相关人员是要受到处罚的。