有的灯笼鱼眼睛的下面，有一个发光器官，白天的时候，发光器官是白色的，到了夜晚，它才会发光。

有的鱼头部上方有个肉状突出可以发光，形似小灯笼，是由第一背鳍逐渐向上延伸形成的。有的灯笼鱼的头部、腹侧、身体侧线下方及尾基部有许多发光器。发光器的排列方式是灯笼鱼分类的主要依据，不同种类的灯笼鱼，它的发光器的数量及排列位置不同。

有的灯笼鱼尾部有一个发光的追逐器，很像汽车的尾灯，有的灯笼鱼头部还有一个特大的发光球，很像我国古代的灯笼。发光器可以发出红、蓝、紫等各种颜色，远远望去，犹如辉煌的彩灯。