庚子赔款只建立了山西大学和清华大学两所大学。

山西大学的前身是由山西巡抚岑春煊和英国人李提摩太利用庚子赔款于1902年创立的山西大学堂。山西大学堂设中学专斋和西学专斋。山西大学堂是我国三所国立大学之一。

庚子赔款建立了清华大学。清华大学是教育部直属的全国重点大学。清华大学的前身是始建于1911年的清华大学堂，是晚清政府设立的留美预备学校，其建校的资金源于1908年美国退还的部分庚子赔款。