它们的区别在于：

一、概念不同，可可豆是可可树的果实，咖啡豆是咖啡树所结果实的种子。

二、形状不同，咖啡豆是长在树枝上的，而可可豆是长在树干上。

三、采摘时间不同，咖啡豆一年一收成而可可豆则是两年一收成