甲贺忍法帖动漫的大结局是所有忍者都死了。最后的结局是甲贺忍者和伊贺忍者都只剩下一个人，而他们既是恋人也是正在执行任务的忍者，无论如何都必须分出胜负，而忍者只有死亡的时候才会被判为失败，男主和女主最后都自杀了，所有的忍者都死了。