两所学校主要区别是:首先南宫中学和南宫一中是两所不同的学校。南宫中学河北省的一所重点学校，是河北最好的学校之一，而南宫一中是一所私立学校，现在由南宫中学代为管理，现在两所学校实行的是一校两区，两制并存的方式。

其次两所学校的师资力量不同，南宫中学的师资力量力量更好一些。

最后两所学校的大小也不同，南宫中学校园目前占地面积大约是150亩，而南宫一中目前占地面积大约是180亩。