天然水晶多在地底下、岩洞中，丰富的地下水来源处形成。地下水含饱和二氧化硅，同时压力约需在大气压力下二倍至三倍左右，温度需在550-600℃间。

在地下经历八千万年以上生长时间，水晶就会依着“六方晶系”的自然法则，而结晶成六方柱状的水晶。所有晶尖指向洞体中心有规律生长。 我国的水晶资源丰富，25个以上的省份均有水晶产出。江苏是中国优质水晶的主要产地，其中以东海水晶最为著名，被称为“中国水晶之都”。此外海南、四川、新疆也是高品质水晶的产地。