据清道光重修药王庙碑记载，东阿药王庙始建于明嘉庆年间，于清道光二十五年、民国二十八年重修。

1949年后庙废。

1978年原涿县政府将此地卖与中铁十八局，庙内建筑始遭破坏，仅存一座后殿“大放光明”殿。1983年，此地复归属地方，涿州市文物保管所进驻。

所以建于清代。