东莞理工学校的数控技术应用、汽车运用与维修、软件与信息服务等3个专业为广东省重点建设专业，汽车运用与维修为广东省中等职业学校“双精准”示范专业，机器人应用与维护为教育部第三批现代学徒制试点专业。

学校共设有数控、汽车、计算机、电子、财经、媒体等6大类专业群共22个专业（含专业方向）。