一、使用年级不同

人教版PEP是小学三年级开始到小学毕业使用的。人教版是包括所有年级。

二、两者版本不同

这两个版本名称均是配合由人民教育出版社出版的教科书的报纸，是新课改前后的版本名称。随着新课改的深入，前者逐渐退出历史舞台，已经很少使用和出现了。后者便是为了统一称为人教版。

三、起点，难易程度不同

人教版SL英语是新起点英语，一年级起点小学英语，一年级至六年级学习人教版PEP是三年级起点小学英语，三年级至六年级学习。