沈阳社保一个月扣两回，可能是由于社会保险缴费基数的上调，出现了两次扣费的情况，第一次扣了当月应当扣缴的社保费用，第二次扣费是扣的社保上调的差额部分，第二次扣费，主要是为了补交社会保险的差额。但劳动者个人可以选择不补缴。