兵部尚书是六部尚书的其中之一，别称为大司马，统管全国军事事务的行政长官，明代正二品，清代从一品。

军机大臣总揽机要，还有向皇帝推荐官吏的权力，权限凌驾于内阁和六部之上。各地的奏章由军机处票签后呈请皇帝批示。皇帝的谕旨，凡属机要，都由军机处草拟，称为“密谕”，经由军机处通过兵部送达地方的督抚，称为“廷寄”，内阁无从过问。