两者最大的区别是硝化细菌没有细胞核，真菌有由核膜包被的细胞核。

细菌与真菌最主要的区别在于真菌有成形的细胞核，细菌没有成形的细胞核，只有拟核。真菌细胞核中有染色体，细菌没有像真核生物细胞中那样的染色体。细菌没有核糖体以外的细胞器，而真菌有。