基因亚型是指在HIV-1的M群内形成的距离相等的进化分支，各亚型间的基因离散率为20%～30%，亚型内的基因离散率为7%~20%。

根据新的修订，M群内包括了A、B、C、D、F、G、H、J、K共9个非重组纯亚型。

亚型的命名依旧沿用原先的大写字母，为了避免以后可能出现的M亚型跟M群的混淆，亚型的规范命名应该在亚型前加上M，如MA，MB等。