不算。

既然农民自己的院子，那就属于在宅基地范围内。不论人家自己在宅基地范围内搭建任何建筑物，都是合情合理合法的。绝对不能算什么违章建筑。

违章建筑是指建在国家农田用地，和公共用地面积上的建筑。这类土地属于国家所有。不经过批准，任何个人都不能在此建造房屋。这样的房子才是违建。