秦惠文王杀商鞅最主要的原因有两个，第一个原因是商鞅曾因嬴驷犯了刑法而处罚他的师傅，所以嬴驷一直对商鞅有怨恨，在他成为秦王后，对商鞅实施报复，嬴驷这么做有点假公济私。

另一个原因是商鞅变法对秦国宗室的利益有影响，这种情况下，嬴驷只能牺牲商鞅来缓和自己跟宗室集团之间的关系，维护皇权。