国家一级重点保护鱼类4种，即白鲟、中华鲟、长江鲟（达氏鲟）和川陕哲罗鲑

国家二级保护鱼类19种，即鯮、稀有鮈鲫、圆口铜鱼、长鳍吻鮈、金沙鲈鲤、多鳞白甲鱼、四川白甲鱼，细鳞裂腹鱼、重口裂腹鱼、厚唇裸重唇鱼、骨唇黄河鱼、极边扁咽齿鱼、岩原鲤、胭脂鱼、长薄鳅、红唇薄鳅、似鲇高原鳅、金氏（鱼央）、青石爬鮡……