遮天中万龙巢最后的结局是被叶凡以大法力迁移到天庭旧址。

遮天中叶凡在初次下山游历的时候与好友李薇薇来到了莽荒禁地的万龙巢，两人在这里见到了最后一条真龙的陨落，随后叶凡在成为帝境强者之后使用秘法将万龙巢迁移到天宫之中，准备孕育出新的真龙。