企业在税务机关报税软件系统中零申报，企业的从业人数按企业注册人数填写，与企业在工商行政管理系统企业注册的人数相同，企业在税务机关申报纳税系统零申报数据与企业的从业人数不存在直接的因果关系，所以企业零申报的从业人员按注册人员数量填写。