eva终删除了旧作中正统补完派VS异端补完派的剧情。碇源堂没有像旧作中一样和Seele众长老杀成一团，而是达成统一战线，继承了后者的遗产与遗愿。大量剧情被加到以葛城美里为代表的反抗派身上，旧作的第三次也被拆分成三四两次完成，给了反抗派成长壮大，足以与NERV抗衡的过渡时间。而最终结局依然是反抗派与补完派间的大战。