小辉（コウキ）和小光（ヒカリ）

游戏开始时可供选择的男孩和女孩。被选择的主角将踏上游历神奥的旅程。没有被选择的则会在同一游戏里在住在真砂镇里当作山梨博士的助手。

山梨博士（ナナカマド博士）

结束了漫长旅途，返回神奥地方研究神奇宝贝。他是研究专长是神奇宝贝进化的权威，以此闻名。

阿驯（ジュン）

是主角的青梅竹马，和主角同时踏上冒险之旅。在旅途中多次挑战主角，也会和主角合力冒险，共同进步。