野生型基因指自然界中占多数的等位基因，在生物学实验中常作为标准对照基因。与之相对应的概念为突变型基因。后者往往由野生型基因突变而来。
基因（Gene，Mendelian factor），也称为遗传因子。是指携带有遗传信息的DNA或RNA序列并控制生物性状的基本遗传单位。基因通过指导蛋白质合成来表达自己所携带的遗传信息，从而控制生物个体的性状表现。
在自然群体中往往有一种占多数座位的等位基因，称为野生型基因。与之相对的是突变型基因.
在研究中是把从大自然中获得的个体，也就是非人工诱变的，作为野生型，那么它所携带的就是野生型的基因组。
但事实上，自然界本身就发生了很多的突变，然后进行选择，得到的同一个物种会有许多不同的生态型（ecotype），通常是取自不同的产地。对于同一个基因，不同生态型的序列会不一样，但都是野生型的。
那么你要区别的话是在相同的生态型背景下进行的，突变基因在序列上会有单一核苷酸位点突变，或者缺失增多，等。对于已经测序的序列可以通过PCR鉴定，但是对于没有测序的物种可以用比较传统的一些方法，比如酶切长度多态性来区别。
