入职申请表属于用人单位内部档案，不存入职工人事档案。

按照档案管理法及相关管理规定，除财务档案、经济合同等外，企业内部档案保管年限为3年。

入职申请表的保存年限为3年，员工离职3年后，用人单位可以选择销毁。若涉及劳动争议或纠纷的，则为劳动争议或纠纷处理完结后3年，可销毁。