两者的主要区别如下：

一，主体和附属的区别：合同可以依法设立，独自存在补充协议必须附属合同主体才能确立，沒有合同主体的补充协议无效。

二，整体和部分的区别：合同是独立完整的法律文件，没有补充协议不影响合同履行补充协议只是合同内容的补充，只能是合同整体中的一部分。