根据花枝鼠耳朵的形状可以分为普通耳花枝鼠和飞象耳花枝鼠，又可以细分为蝶耳、郁金香耳和花椰菜耳。

根据毛发的卷曲情况又可以分为单卷花枝鼠和双卷花枝鼠，另外还有一种无尾花枝鼠，它的分类比较复杂

花枝鼠又被称为奶牛大白鼠，因为它的毛发像奶牛一样黑白交错，比较常见的是从前肢到头部为黑色，背部大部分是白色，中间会有黑色的斑点。有的花枝鼠尾巴和身体一样长，尾巴上也分布有黑色斑块。