萨博9-3的整个车身均大量采用了高强度加厚硼钢，车身底部的结构件以及元宝梁的设计也让萨博9-3变得特别扎实，前后保险杠几乎把整个车身都包裹了起来。

车舱内配备了8个安全气囊，“主动式”安全头枕可以在发生碰撞时，最大程度地为车内乘客颈部提供充分的保护。