民用航空器造成他人损害的，民用航空器的经营者应当承担侵权责任但是，能够证明损害是因受害人故意造成的，不承担责任。也就是说，民用航空器造成侵权损害的适用的是无过错责任，即不论航空公司有没有过错，只要造成了侵权损害，就应当承担损害赔偿责任。只有一个情况下可以免责，那就是证明侵权损害是由于受害人故意造成的，比如飞机起飞时受害人故意冲向跑道而造成自身伤害的。

因此，如果发生飞机因雷暴天气失事碎片砸坏农民房子，管理运营该飞机的航空公司是不能免责，应当承担农民的损害赔偿责任。