一是生物育种重大原创性基础理论研究不够深入，独立原创探索性研究较少，尤其是有重大育种利用价值的关键基因和分子模块匮乏。

二是与国际种业科技创新水平相比，我国生物育种关键技术原始创新落后，核心环节技术掌握不够，研究力量分散，还没有形成合力。

三是种业企业科技研发投入不足，前50强的种业企业年研发投入约13亿元人民币，远不及美国孟山都、德国拜耳公司一个公司同期投入规模。

四是具有自主知识产权的转基因生物育种、基因编辑育种等相关成果产业化亟待突破