可以报销啊 ，只是不能住院期间就用医保卡免去报销部分。必须让南京社保局开个证明 然后在上海看病回来后 再带齐所有的报销凭证去南京社保局报销。

需要提前在南京医保中心备案，然后就可以在上海指定医院使用，直接按比例结算。